Sau 2 lần Ban Tôn Giáo chính phủ ra văn bản không đồng ý cho Hội Thánh Tin Lành Việt Nam Miền Nam (HTTLVNMN) tổ chức Đại hội đồng thì lần thứ 3 họ đồng ý cho HTTLVNMN tổ chức Đại hội đồng.
Sáng 12.11.2013 Đại hội đồng lần thứ 46 của HTTLVNMN tổ chức tại phường Bình Trưng, quận 2 Sài Gòn. Có hơn 3000 người tham dự kỳ đại hội đồng này, trong đó gần 1700 đại biểu chính thức đại diện cho các Hội Thánh Tin Lành của 46 tỉnh thành từ Quảng Trị trở vào. Ngoài ra còn có khách mời là HTTLVN Miền Bắc, HTTL Lào, HTTL Cambodia cũng như nhiều khách mời và diễn giả đến từ Mỹ. Thời gian của đại hội là 4 ngày từ ngày 12 đến ngày 15 tháng 11 năm 2013.
Đặc biệt có mục sư Thomas H. Stebbins tên Việt Nam là Tôn Thất Bình rất giỏi Tiếng Việt được mời như là một diễn giả chính của kỳ Đại hội đồng. Mục sư Tôn Thất Bình rất am hiểu văn hóa và lịch sử của Việt Nam. Mùa phục sinh năm 1970 các điệp viên cộng sản đã đặt bom nhằm ám sát mục sư Tôn Thất Bình tại nhà thờ Tin Lành An Hải (bây giờ thuộc phường An Hải Đông- Quận Sơn Trà- Tp. Đà Nẵng) nhưng quả bom hẹn giờ này không nổ trong nhà thờ nhưng về lại vùng Điện Ngọc là nơi cộng sản rất nhiều thì quả bom này lại nổ. Một trong các điệp viên còn sống trong vụ này đã quay lại theo đạo Tin lành và ông ta thú nhận toàn bộ sự thật. Sau năm 1975 thì gia đình của người này bị nhà cầm quyền phân biệt đối xử rất khắc nghiệt.
Đây là lần thứ 3 sau năm 1975 nhà cầm quyền cộng sản cho giáo hội Tin Lành lớn nhất nước tổ chức Đại hội đồng. Và cũng như 2 lần trước nhà cầm quyền luôn luôn giám sát chặt chẽ các đại biểu về tham dự Đại hội đồng. An ninh các địa phương thường kêu các đại biểu tham dự lên để "làm công tác tư tưởng" trước khi về Sài Gòn tham dự Đại hội đồng. Đặc biệt các đoàn đại biểu của khu vực Tây Nguyên như: Gia Lai, Daklak, Daknong, Lâm Đồng thì có hàng chục an ninh được cử theo các đoàn để theo dõi. Nhưng vẫn có bất ngờ xảy ra trong kỳ đại hội đồng lần thứ 2 vào năm 2009 thì đồng loạt 100% các đại biểu ra quyết nghị đòi nhà cầm quyền cộng sản trả cho họ 265 nhà thờ Tin Lành bị nhà cầm quyền chiếm giữ sau năm 1975. Việc này như một cái tát vào việc nhà cầm quyền muốn hạn chế những phát ngôn ngoài dự kiến của họ. Bởi vì chương trình của Đại hội đồng phải nộp trước cho họ kiểm duyệt từng nội dung.
Liên quan đến việc dây dưa cấp phép kỳ này là phía Ban Tôn Giáo Chính phủ không đồng ý cho Giáo hội Tin Lành 2 miền Bắc và Nam thống nhất thành một giáo hội Tin Lành.
Một nguồn tin từ Văn phòng Tổng liên hội của HTTLVNMN cho hay kỳ này phía nhà cầm quyền cũng muốn xen vào cơ cấu các chức sắc tôn giáo này và phía HTTLVNMN không đồng ý nên mới có việc dây dưa kéo dài thời gian cho phép lẽ ra đã có Đại hội đồng đúng nhiệm kỳ 4 năm một lần vào tháng 2.2013 vừa qua. Người mà nhà cầm quyền muốn đưa lên làm Hội trưởng của HTTLVNMN kỳ này là nhân vật rất thân với nhà cầm quyền có em út từng là thẩm phán của Tòa án tối cao và nhiều người thân hiện đang là cán bộ. Nhưng phía giáo hội nói là việc chọn ai làm Hội trưởng là quyền tự do của 1700 đại biểu bầu cử một cách công khai chứ không có chuyện cơ cấu trước như nhà cầm quyền từng làm trong các cuộc bầu cử của họ. Và thế là việc cấp phép bị dây dưa.
Chúng tôi hỏi một chức sắc của HTTLVNMN là việc mục sư Y Ky Ê Ban là Ủy vên mục vụ trong 23 người đứng đầu của Giáo hội HTTLVNMN tham ga chuyến đi với ông Trương Tấn Sang, thì vị này cho hay là Ban tôn giáo chính phủ mời riêng cá nhân mục sư Y Ky Ê Ban đi chứ không Tổng liên hội.
Trong một động thái khác thì trang web chính của Giáo hội HTTLVNMN dự kiến truyền hình trực tiếp các chương trình của Đại hội đồng nhưng vì trang web này bị hacker nhằm ngay ngày khai mạc Đại hộ đồng nên không truyền hình trực tuyến đươc.
Hiện tại ở Việt Nam có rất nhiều hệ phái Tin Lành được công nhận cũng như chưa được công nhận tư cách pháp nhân hoạt động. Trong đó thì đông nhất là HTTLVNMN có khoảng gần 2 triệu tín đồ trong đó người sắc tộc vùng Tây Nguyên chiếm hơn 2/3 có trụ sở chính là 155 Trần Hưng Đạo, Quận I - Sài Gòn. Kế đến là Giáo hội Tin lành Miền Bắc có gần 1 triệu tín hữu đa phần là người H'Mong, Dao các tỉnh phía Bắc, và giáo hội này có trụ sở ở số 2 Ngõ Trạm (phía sau chợ Hàng Da) thành phố Hà Nội. Cả hai giáo hội này đều được công nhận tư cách pháp nhân họ muốn hợp nhất nhưng phía nhà cầm quyền không đồng ý.
